Ozon tedavisi uygulanmasına engel olan pek bir hastalık ve durum yoktur. Çok az sayıda özel durumda dikkat etmek gerekir. Dikkat etmesi gerekenler şunlardır.

Doğumsal Glikoz 6 Fosfat Dehidrogenaz enzimi Eksikliği - Favizm Hastalığı(Halk arasında bakla zehirlenmesi olarak ta bilinir.)

Myokard enfarktüsünün akut devresi (yeni geçirilmiş kalp krizi)

Ağır kanamalar

Sık tekrarlayan kramp oluşması

Trombositopeni

Sık tekrarlayan pankreatit